1、受理：值班人员及时受理并编号登记后交办公室分管领导签字并批示交管辖区域的支队分管领导处理。支队分管领导按照以下方式分别处理：对属于应由区、县（市）环保局处理的，批示交由相关区、县（市）环保局限期处理；对属于应由分管室处理的，批示交所属室直接处理。
    2、对属于应由区、县（市）环保局处理的，适应以下程序：
    （1）交办：负责室制作交办文书，并交相关区、县（市）环保局限期处理。
    （2）督办：对超过规定办理期限未处理的，向相关区、县（市）环保局下发环境监察通知督促办理，并可向全市系统内发送情况通报。
    （3）督查：经督办超过10天仍未办理的，可向相关区、县（市）政府或监察机关发送建议函督促办理或建议查处相关人员存在的不作为或失职行为。
    （4）办结：对已经办结的由负责室将相关资料汇总交办公室归档。
    3、对属于应由分管室处理的，适应以下程序：
    （1）调查：由两名以上监察人员及时到现场，出示证件，实地勘察，做好现场记录，提取有关证据，制作现场询问笔录。调查中应当对纠纷的致污方进行检查以下内容：
    a、是否办了环境影响审批手续；
    b、“三同时”制度执行情况；
    c、限期治理项目完成情况；
    d、污染防治设施运转情况；
    e、是否违反环境保护法律、法规情况；
    f、监察人员认为该检查的其他情况。
    （2）处理：根据调查情况，按以下方式处理：
    a、对于涉及赔偿的，若受害方、致污方都愿意请求环保部门进行调解处理的，负责室组织召开当事人双方调解会议。经调解当事人双方可达成协议的，制作《环境污染纠纷调解处理书》交当事人；对当事人一方不愿意调解或者当事人不能达成调解协议的，制作《环境污染纠纷处理意见书》分发当事人，并告知当事人诉权。
    b、对于不涉及赔偿的，负责室做出处理结论并在结论做出3日内将处理结果反馈给信访人并做好记录。
    （3）立案查处：根据现场调查情况对致污方违反环保法律、法规的行为立案移交市环保局法制科进行行政处罚。
    （4）办结：对已经办结的由负责室将相关资料汇总交办公室归档；对需向相关部门汇报处理结果的，由负责室按照公文办理程序处理。